С целью расследования злодеяний против мира и человечности, а также военных и других преступлений, совершенных против местного азербайджанского населения в конце XX века вооруженными формированиями незаконного армянского сепаратистского режима и вооруженными силами Армении, действовавшими на оккупированных территориях Азербайджана, совместным приказом Генерального прокурора, министров национальной безопасности и внутренних дел от 18 декабря 2003 года была создана следственно-оперативная группа. 5 мая 2005 года расследование уголовного дела, которое проводилось этой следственно-оперативной группой, было поручено республиканской Военной прокуратуре. 
Как сообщает "Xalq qəzeti", об этом заявил на брифинге, посвященном вопросу лиц, пропавших без вести в Первой Карабахской войне, начальник особого следственного отдела Военной прокуратуры Эмиль Тагиев.
По его словам, в ходе расследования уголовного дела на сегодняшний день в целом было совершено более 81 тыс. следственных действий, в том числе допрошено и признано в качестве правопреемника потерпевшего более 29 тыс.потерпевших лиц. Кроме того, в качестве свидетелей было допрошено более 30 тыс. человек. Также было проведено более 3 тыс. различных видов экспертиз, принято более 32 тыс. процессуальных решений.